Desde la época romana y hasta los asentamientos de los primeros ermitaños, se desconoce si ocurrieron otros eventos significativos en las islas debido a la falta de documentación. Sin embargo, es probable que hayan sido visitadas por diversos invasores, como los suevos y los normandos, que asolaron esa parte de la costa gallega hasta el siglo XI.
Durante la Edad Media, debido a la cristianización de Galicia, comenzaron a proliferar las órdenes religiosas en esa zona. En el año 899, las Islas Cíes fueron donadas a la catedral de Santiago de Compostela por el rey Alfonso III. En este período se construyeron dos conventos-ermitas en las islas: el convento de San Martín, en la isla Sur, y el convento de San Esteban, en la isla del Medio. Los monjes que habitaban las islas realizaban funciones de administración y control, además de ocuparse de los pocos pobladores.
Estos conventos fueron destruidos años más tarde por el gran Olaf y su ejército normando, quienes atacaron las islas y dejaron los conventos en ruinas. A pesar de esto, la donación de las islas a la iglesia fue confirmada sucesivamente por los reyes de Galicia.
En 1152, los conventos existentes en las islas estaban vinculados a la orden benedictina y, posteriormente, en 1377, pasaron a estar adscritos a los franciscanos. Estas comunidades religiosas establecieron un régimen feudal y se dedicaron principalmente a la agricultura, cultivando trigo, centeno y mijo, y a la ganadería, criando ovejas, conejos, cerdos y gallinas, que junto al pescado componían su dieta.
A finales de la Edad Media, las islas dejaron de ser propiedad de la iglesia y comenzaron a ser utilizadas como refugio para barcos extranjeros. Los nuevos invasores, en su mayoría turcos, tunecinos e ingleses, respetaron a los pobladores de las islas, con la excepción del pirata Francis Drake, quien atacó y asoló las islas en varias ocasiones, así como las costas de la ría de Vigo.